（追記2021/3/25）Windows 10 Ver. 20H2以降のMicrosoft IMEやアップデートプログラムの不具合のおかげで、これらが適用されている環境では、日本語入力に問題が発生しています。こちらの投稿を参考にMicrosoft IMEを旧版に戻し、「高速スタートアップ」を無効にする設定をすることをおすすめします。親指の友Mk-IIキーボードドライバをお使いのときに「JISかな」の出力になってしまった場合は再起動することをおすすめします。また、他の親指シフトユーザーのためにも、各種トラブルの情報を当ページの最も下の「コメント」に書き込んでくださると助かります。
親指の友Mk-IIキーボードドライバは聖人様が作ってくださったWindowsでかなり安定的に高速に親指シフト入力をすることを可能にしてくれる非常に優れたキーボードドライバです。今までは未署名のドライバだったため、Windowsの64bit版で普通に使うことはできませんでした。
このような状況でしたが、2020/4/1に合同会社アプレット様が署名版の親指の友Mk-IIキーボードドライバを５００円のシェアウェアとして提供してくださいました。しかも、改造版も用意してくださっています（要望出しとテストに協力させていただきました）。
（参考画像：「親指の友Mk-IIキーボードドライバ」の設定ツール）
下に導入方法をまとめましたので、まずは試してみて（使用制限はありません）、使い続ける場合に購入してみてはいかがでしょうか。合同会社アプレット様が署名付きドライバを更新できるようにしておくには年ごとに１３万円ほどの費用がかかるようですので、ある程度の売り上げが必要なようです（どうやら常に署名付きドライバを更新できるようにしているわけではないようですが）。以下、導入方法などをご紹介します。
親指の友Mk-IIキーボードドライバ 署名版
対象
OS: Windows 10, 8の64bit版、32bit版（Windows 7 64bitでは使えないと思います）
キーボード: 日本語JISキーボード（「親指シフト表記付きUSBライトタッチキーボード」を含む）の他、富士通製のUSB親指シフトキーボード、PS/2親指シフトキーボード（FMV-KB613など）（USB接続させる場合はルートアールのRC-U2MKのような所定のアダプターが必要）、LIFEBOOK親指シフトノートパソコンなど
IME（日本語入力システム）: Windows標準のMicrosoft IMEの他、Japanist、ATOKで動作するようです。ATOKでは「文字キー出力の零遅延モード」をオフにする必要があるようです。ここでは主にMicrosoft IMEの場合を説明します。
（Japanist、ATOK、Google日本語入力などでの動作、特に変換候補を数字キーで選択する際の動作、について、コメントにて教えていただけると助かります）
導入方法
ダウンロードして展開
合同会社アプレットの親指の友Mk-IIキーボードドライバ 署名版のページで、「ダウンロードリンク kbf_oya_mk2_v20l23_signed_A.zip」をクリックしてkbf_oya_mk2_v20l23_signed_A.zipをダウンロードします。
２つの版が用意されていますが、Shift+数字のときの動作や「：」の入力などの点で変更されているので署名版Aの方がおすすめです。
そして、どこかのフォルダ（例、C:\Prog\Oyayubinotomo）に展開します（zipファイルの中身をコピーします）。
キーボードドライバを更新
デバイスマネージャを起動します。スタートボタンを右クリックして「デバイスマネージャ」を選んだり、田+Rで「devmgmt.msc」と入力したりして、起動することができます。
「キーボード」を展開して、ぶら下がっている「HIDデバイス」、「日本語106/109キーボード」などをダブルクリックします。
「ドライバー」タブの「ドライバーの更新」をクリックします。
以降は下側の「コンピューターを参照してドライバーソフトウェアを検索」、
「コンピューター上の利用可能なドライバーの一覧から選択します」、
「ディスク使用」、
「参照」と進んで、
展開したファイルの中の「x64（Windows 64bit版の方）」または「x86（Windows 32bit版の方・・・最近では少なくなっていたようです）」の中にある「kbf_oya_mk2.inf」を指定します。
ここでお使いのキーボードに応じていくつか選択肢があります。
日本語JISキーボード（「親指シフト表記付きUSBライトタッチキーボード」を含む）の場合
“日本語 106/109キーボード (KB611互換 親指の友 Mk-2)“を選択します。
富士通製のUSB親指シフトキーボード(FMV-KB232、FKB7628-801など）、LIFEBOOK親指シフトノートパソコンの場合
“日本語 親指シフトキーボード (親指の友 Mk-2)”を選択します。
PS/2親指シフトキーボード(FMV-KB613など）の場合
“富士通 PS/2 親指シフトキーボード (親指の友 Mk-2)”を選択します。
そして、「インストールを続行する」「はい」などを選択して進み、
PCを再起動します。
設定ツールの起動
展開したファイルの中の「config_uty.exe」という設定ツールを起動しようとダブルクリックなどをしてみます。
ここで、「コンピューターにMSVCP120.dllがないため、プログラムを開始できません」、「サイドバイサイド構成が・・・」のようなエラーダイアログが出たり、無反応である場合は、Visual Studio 2013 の Visual C++ 再頒布可能パッケージ（vcredist_x86.exe）をダウンロードしてインストールします。
設定ツール「config_uty.exe」を起動後は、
のような画面が表示されます。
まず、（１）左上の「キーボード選択」でお使いのキーボードを指定します。
設定ツールの「親指シフト設定（全体）」のタブ
そして、（２）「親指シフト設定（全体）」のタブで、キーボードに応じて、
日本語JISキーボード（当社製キーボード含む）の場合
（３）「親指キー」 「左」「（単独打鍵で）」が下の画像のようにともにSpaceにします。
富士通製のUSB親指シフトキーボード(FMV-KB232など）、LIFEBOOK親指シフトノートパソコンの場合
（３）親指キー 「左」「（単独打鍵で）」がともに「無変換」になっていますが、英文入力時にSpaceを打ちやすくしたい方は「（単独打鍵で）」はSpaceにするのがおすすめです。
設定ツールの「その他」のタブ
その後、（４）「その他」タブに進みます。
日本語JISキーボード（「親指シフト表記付きUSBライトタッチキーボード」を含む）の場合
デフォルトだとKB611風にBackspaceキーが「］」キーになるように設定されます。これでよければそのまま「適用」をクリックします。
もしJapanistの快速親指シフト風にBackspaceと「：」を入れ替えるだけの設定にしたければ（こちらの方がわかりやすいと思われる方が多いと思います）、画像のように、
0E:Backspace ｜28:「：」
28:「：」 ｜0E:Backspace
と設定します。
そして、（６）「適用」をクリックし、（７）Alt+PrintScreen（またはSys Rq）の操作で設定を反映させます（再起動でもOK）。
「インストールする」などを選択して進み、PCを再起動します。
IMEの設定（かなモードで使う）
（追記2021/3/25）Windows 10 Ver. 20H2以降のMicrosoft IMEやアップデートプログラムの不具合のおかげで、これらが適用されている環境では、日本語入力に問題が発生しています。こちらの投稿を参考にMicrosoft IMEを旧版に戻し、「高速スタートアップ」を無効にする設定をすることをおすすめします。
以下、かな漢字変換システム（IME）として、Windows標準のMicrosoft IMEを使う場合について説明しますが、ATOK2015でも問題なく使えることを確認しています（下の「ATOKの場合」を参照）。
Microsoft IMEの設定画面を出します。スタート｜設定（電源ボタンの隣の歯車）｜時刻と言語｜言語｜日本語｜オプション｜Microsoft IME｜オプション｜詳細設定を開く と進むと出てきます。
「ローマ字入力／かな入力」では、「かな入力」にします。「ローマ字入力」では動作しません。
IMEの設定（キー設定）
「キー設定」では、特に、左親指シフトキー（Spaceなど）の動作やどうやってIMEオンやオフにするかを好みに応じて設定するといいと思います。
上の設定では「英数」でIMEオフ（半角英字モードにする）、「変換」でIMEオン、「SPACE」で最も左以外を「全確定」にしています。このようにすると、現在のモードにかかわらず、半角英字を打つときは「英数」、かなを打つときは「変換」を打てばよくなります。（Mac風に「無変換」でIMEオフとしている方も多いようです）
Japanistをお使いの方は左親指シフトキーに「Japanist風の無変換（OASYS風）」を割り当てることができますが、Microsoft IMEではそれに相当するものがないので「全確定」を割り当てています。
ATOKの場合
ATOKではキーのスタイルとして、「OAK/Win」が用意されています。OASYS/Japanist風のキー設定にしたい場合、「OAK/Win」を選ぶことをおすすめします。この場合、プロパティ｜キー・ローマ字・色｜キーカスタマイズにて、「スペース」の「入力中」以降を「無変換」のものと同じに設定することをおすすめします。
また、「変換」などに「入力文字種全角ひらがな（あ）」(IME ONの後に「ひらがなモード」にします）、「英数」などに「日本語入力OFF」、「スペース（または無変換）」の「入力中」～「文節区切り直し中」に、「順次カタカナ後変換」（全確定にする場合、「全文確定/全候補選択確定/記号確定」）を割り当てるといったカスタマイズをするといいと思います。
ATOKで「ぴ」「ぇ」を打つと前の文字が消えてしまう問題
ATOK2015で試したところ、「ぴ」（例、はっぴ）を打つときに変な動作をすることがあるようです（すでに入力している文字が消えてしまう）。
ATOKの他のバージョンではわかりませんが、ATOKでは「親指シフト設定（全体）」タブにて「文字キー出力の零遅延モード」をオフにした方がいいのかと思います。
右手１列シフト（Orz配列）の場合
右親指キー（変換キー）を押しやすくするために、右手で打つキーを右に１つずらして使っている方が多くおられます。これによって、使えるキーボードの種類が増えると思います。その場合、
設定ツール（config_uty.exe）の「その他」のタグのところの「キー置換」で２３個くらいの項目を作る
ことで実現できるようです。
例えば、「K 」キーに「J 」キーを、「Ｌ」キーに「Ｋ 」キーを、「；」キーに「Ｌ 」キーを、「］」キーに「Backspace 」キーを、割り当てるといった項目を合計23個くらい作るということです（上の画面とコメント参照）。
親指シフト処理が動作していなければ
まれに、入力しても親指シフト処理がされずにJISかなの「かな」入力の状態になってしまうことがあるようです。
その場合、まず、再起動などをして直っているか見てみます。
それでも直っていなければ、ドライバーを「更新」して、「日本語PS/2キーボード」に変更し、その後で再起動せずにまた親指の友Mk-IIのキーボードドライバに変えて再起動することで直るようです。
ぜひ登録を
導入方法は以上です。非常に優れた高速な親指シフト環境を構築できると思います。
シェアウェアですので引き続き使用する場合はぜひ登録をお願いします。５００円の価格はかなり良心的だと思います。
ご購入は、合同会社アプレット様のサイトで「Gumroad購入リンク」から行います。
わからないことがあれば、このページのコメント欄に書き込んでいただいたり、合同会社アプレット様のユーザーサポート掲示板の「親指の友Mk-IIキーボードドライバ署名版サポート」のスレッドに書き込んでいただければと思います。